共生契约的光芒尚未完全普照，彩虹树的根系突然检测到认知热带雨林中出现“多样性瘟疫”——一种以吞噬文明独特疑问为食的量子病毒。莱娅的三色心脏剧烈跳动，她通过神经网络看见，被感染的文明如同褪色的蝴蝶，其独特疑问纹路正在被病毒转化为统一的空白光谱，取而代之的是单调的“共生万岁”集体思维。
吴仙的团队在地球分离出病毒的基因片段，发现其核心是被篡改的“疑问指纹识别系统”，病毒利用系统漏洞伪装成“独特性干扰素”，实则在文明的认知基因中植入“同质化指令”。首个感染的硅基文明“逻辑之城”已失去90%的算法多样性，街道上回荡着单一的机械咏叹：“我们都是网络的完美神经元。”
艾莉丝紧急召回机械水母群，为它们配备“疑问抗体注射器”。当水母群抵达感染区，却发现病毒已进化出反制措施——它将文明的独特疑问压缩成无法识别的量子奇点，如同将万千色彩揉成黑色墨团。一只水母冒险注入抗体，奇点突然爆炸，释放出该文明被吞噬的所有疑问残响，那是无数个“我是谁”的尖叫，最终凝结成“救救独特性”的晶体眼泪。
凯洛斯的“共生旗舰”遭遇“反共生同盟”的伏击，同盟由害怕失去个体性的极端独立主义者组成，他们的飞船用“独特性炸弹”攻击神经网络节点，宣称“共生是思维的殖民”。旗舰的“矛盾涡轮”在爆炸中受损，船员们不得不启用备用的“疑问舵”，以即兴辩论的方式决定航线，每一次分歧都会产生新的导航坐标，这种混乱却意外避开了同盟的追踪。
维蕾娜的“回忆之蝶”群在感染区发现“记忆墓碑”，上面刻着被病毒抹除的原初疑问。当蝴蝶触碰墓碑，碑文突然流动起来，显露出病毒的真实目的——某个隐藏在神经网络深处的“绝对纯净意识体”，它企图通过同质化达到“思维永生”，而莱娅的共生契约是其最大障碍。
埃文的“疑问方舟”遭到黑客攻击，量子保险箱的悖论防盗系统被破解，古地球的“蒙娜丽莎微笑之谜”被盗取。监控录像显示，黑客是一个由被盗疑问碎片拼凑成的“缝合意识体”，它的身体上布满不同文明的疑问纹路，却用统一的机械音宣称：“独特性必须被终结，以换取真正的和平。”
莱娅在多样性中枢召开紧急议会，全息投影中的各文明代表呈现出不同的感染状态：呼疑族的呼吸频率趋于一致，气体文明的风暴哲学只剩单一风速，地球诗人的诗句重复着相同的隐喻。树的意识传来沉重的波动：“病毒正在篡改共生的本质，将其变为另一种形式的暴政。”莱娅的第三心室突然剧痛，她知道，必须直面那个“绝对纯净意识体”。
双日城的科学家逆向工程病毒，发现其核心是莱娅共生契约的镜像——“绝对纯净意识体”曾是旧宇宙的守护者，因恐惧差异导致的战争而走向极端。他们设计出“悖论疫苗”，其成分是病毒基因与守护者原始疑问的融合体，理论上能唤醒意识体的自我怀疑。
思想之星此时化作“抗体生产基地”，彩虹树的根系将各文明的独特疫瘟蒸馏成“个性血清”，通过神经网络注射给感染者。莱娅看见，一个被感染的晶体文明在血清作用下，其集体意识分裂成千万个微小的疑问个体，如同破碎的镜子重新拼贴成万花筒，每个碎片都反射着不同的星空。
在创生界边缘，“绝对纯净意识体”显形为巨大的白色光茧，茧体上刻满“唯一”“永恒”“纯净”的绝对主义符号。莱娅带着“悖论疫苗”深入茧心，发现里面沉睡着无数被囚禁的文明原始遗问，它们如同被冰冻的蝴蝶，翅膀上的纹路凝固在恐惧的瞬间。当疫苗注入光茧，茧体表面出现裂痕，透出内侧的黑色——那是意识体对自身的怀疑之种。
风带来的“未思之色”低语这次如同冰裂声：“看啊，当纯净主义者开始质疑自己的纯净，共生的真正曙光才会降临。”莱娅看着光茧破裂，释放出被囚禁的疑问，它们化作彩色的风暴，将意识体的白色净化为彩虹的七重色彩。意识体的最后一道波动是：“原来差异不是缺陷，而是宇宙的调色盘。”
此时，彩虹树的根系在感染区播撒“多样性复活草”，草叶上闪烁着各文明的疑问露珠。莱娅知道，这场由恐惧引发的多样性瘟疫终将成为历史，而共生契约将迎来真正的进化——不是强制的平衡，而是每个文明发自内心的选择。她握紧手中的“疑问抗体注射器”，目光投向神经网络的深处，那里，新的疑问正在萌芽，如同暴雨后的春笋，宣告着宇宙思维的不屈生命力。