最新开发的三号机在启动实验之中被使徒侵蚀，成为了第十三使徒，霞天使的身体。
驾驶员正是真嗣的同学，铃原冬二，也就是当初真嗣转学揍了真嗣的黑发小子，还真的如同极当初所说的一般，他成为了EVA三号机的适格者。
由于三号机被侵蚀，铃原冬二虽然还有呼吸和心跳，但是却失去了意识，切断活动信号，强制弹出插入栓全都没有用。（老版是冬二，新版是明日香，这里采用老版。）
“从现在开始，抛弃EVA三号机，将其认定为第13使徒，按计划在野边山进行作战，摧毁目标。”碇源堂非常果断的下达了命令。
“目标出现，所有机体准备进行地面战！”清晰的话语声通过联络设备传入真嗣的耳中。
而真嗣，也看到了第十三使徒的模样。
“使徒？这是使徒吗？”真嗣再度确认了一下。
“是的，这就是敌人。”他的父亲碇源堂果断的给了他回答。
“什么敌人啊，这不是EVA吗？”
二号机扛着巨大的炮筒靠在一座的山的边上，明日香也看见了所谓“使徒”的样子，“怎么会？竟然被使徒侵蚀了？？”
好似除了真嗣以外，所有人都知道三号机里面的驾驶者是谁。
明日香在没有完全与真嗣说出真相之时被三号机攻击，断开了连接，可谓是一瞬间就瘫痪了二号机，这让真嗣十分着急。
“绫，避免近距离作战，阻止目标前进，交给初号机....”碇源堂是一个十分合格的指挥者，他的头脑十分清晰。
绫波丽刚回复了“了解”没多会，她所驾驶的零号机已经被三号机压在身下。
三号机开始其实零号机的左臂，如果一直这么下去的话，零号机也会被完全操控，驾驶舱内，由于神经连接的关系，绫波丽感受到了左臂巨大的痛苦。
“切掉左臂！”碇源堂的反光眼镜内一片冷漠。
“可是，不切除神经连接系统的话.....”
“切掉！快！”
“是。”
轰~~~
零号机的左臂分离，绫波丽感受到了断臂之痛，差点昏死过去。
三号机在靠近，而驾驶初号机的真嗣咬着牙，还在纠结那三号机里面有一个人类的事情！
以至于被三号机靠近，伸出变长的手臂卡住他的脖子也没有进行反抗.....
甚至说出了：“自己死了也比杀人好这种话......”
真嗣完全没有考虑过，如果不阻止三号机体的话，死的不止他一个....
由于真嗣的“没有行动”导致碇源堂对他十分失望，他果断发布命令，切除了真嗣与初号机的联系，采取了由【傀儡系统】来操控初号机。
碇源堂的决断为“就算傀儡系统还有很多问题，但是就算如此也比现在的驾驶员要好！”
真嗣的驾驶舱内，脖子被掐住的感觉立刻消失，因为他与初号机的连接被切断了，四周的光线变得昏暗。
初号机由傀儡系统操控，马上开始了反击，同样伸出手掐住了三号机的脖子，慢慢的，初号机站起了身，但从力量上来说，已经完全压制住了三号机。
NERV总部的人员全都不可置信的看着参数，各项增益正在显着提高，看起来，这是来自“傀儡系统”的力量。
真嗣在驾驶舱内就那么眼睁眼看着初号机扭断了三号机的脖子，这还没完，初号机将三号机狠狠摔在地上，一拳砸出，三号机被这一拳砸的血液狂喷！
“呜啊！！！”
初号机发出怒吼，开始疯狂撕扯着三号机，护甲被拆掉，肢体被分解，四周的大楼上全都是鲜血，路边的红绿灯上夜，粘稠的血液一滴滴往下流，边上的河道彻底被染成红色。
“呀灭楼！！！”
“快让他停下！爸爸！！”
“快叫他停下来！”
真嗣在驾驶舱内歇斯底里的大吼。
NERV总部的一众人全都目瞪口呆的看着屏幕，胆小的女性已经用手捂住了脸了...
最终，在真嗣惊恐的眼神中，初号机的手中抓着一个插入栓，也就是驾驶者所在的驾驶舱。
“住手！”
“快住手！”
真嗣疯狂的拉动着手中的操纵杆，但是却没有任何用处。
砰！！
初号机将插入栓捏爆了！
“EVA三号机，不对，目标已经完全瘫痪.....”
NERV总部内，传出了这最后的通知。
目标已被消灭，初号机站立在原地，进入了待机模式。
.......
当天夜里，插入栓回收小组开始了作业，他们得把插入栓带回去，而且三号机留下的残骸，也需要回收进行处理，葛城美里也告诉了真嗣真相，三号机的驾驶员是谁....
这让真嗣痛苦的尖叫，他感觉自己的脑子已经要炸了....
并认为是“自己”杀了冬二。
“插入栓回收小组确认适格者已死亡。”（tV是重伤没死，漫画是死了，这里走的是漫画版本。）
正当插入栓小组汇报信息之后，准备将冬二的尸体以及插入栓残骸进行托运之时，异变出现了，有红色的物质如同光一般照亮了这片区域。
“这...这是什么？”
工作人员目瞪口呆，这场景实在是太奇怪了。
没人注意到的，三号机被初号机撕扯断掉插在河道中的一只手，动了一下。
呜~~~~
有诡异的大风出现，发出怪异的呜呜声。
“？？？？”
“撤退....汇报异常，立刻逃走！！”
很明显是小队长的人大声呼喊，催促所有人赶紧跑！
因为，四周溅落的血液在汇聚，被捏扁的插入栓开始鼓起，三号机的身体碎片竟然都开始往头颅的位置移动.....
NERV总部立刻就接到了这条信息，屏幕之中，所有人跟见了鬼一般的表情！
满身裂痕，碎片拼合而成的三号机，竟然摇摇晃晃的站了起来！！
三号机抬起脑袋，张大了嘴巴却不出声音，最后他伸出手，抓住了插入栓，从嘴巴的位置塞了进去.....
随后，三号机转移了身位，开始移动....
随着他的脚步，碎片拼合的裂痕消失，步伐开始变得稳定，双眼之中散发起红光，而且移动速度越来越快！
最终，一架有着红色带着泪痕的眼睛，只有形似三号机的机体出现在了所有人的视线之中。
他的五指是漆黑的爪子，膝盖以及胳膊上弹出利刃，口中是如同鲨鱼一般的双层利齿，喉咙里还藏着一门炮.....
“............”
“这到底...是什么怪物？”
“那道红色的光芒...也是使徒吗？”
碇源堂的脸拉的比驴还长......