下横档岛与上横档岛之间相距不到三百米，陆战队拖拽上去的火炮得以直射上横档岛山上山下两座炮台，这两座炮台有重炮五十四门，大半对准的是东航道这个主航道，少数对准的西航道，其南面是靠下横档岛来协防，如今下横档岛失陷，自然也就没了屏障。
在下横档岛失陷之后，负责两岛守备的许龙命人在上横档岛南面构筑了土木结构的炮垒，把三磅炮与一些较轻的红夷炮转移过来，相对于需要从战舰上转移火炮的海军，清军还是快了一步，双方距离很近，又都是临时构筑的炮垒，炮战中，拥有十八磅重炮的陆战队并未占多大便宜，一直到四门重榴弹炮上岛才占据了上风。
二十四磅重榴弹炮拥有较大的长径比，最远射程超过了千米，虽然与直射的加农炮不能比精度，但可以躲在沙丘后面吊射清军，重榴弹炮的炮弹射进清军临时构筑的炮垒，把临时组织的清军炸的人仰马翻，守卫西航道的山下炮台也在重榴弹炮的射程之内，这座炮台是葡萄牙人射击的，射界开阔，位置良好，但也继承了葡萄牙风格的缺点，没有顶棚，曲线落下的榴弹炮能直接在炮手中爆炸，下横档岛的榴弹炮压制了清军下横档岛的西侧炮位，而炮击编队则前出，在上横档岛西南处于山下的横档炮台对射，直接掩护陆战队登陆。
铁锁横江，炮击编队的位置并不好，遭遇了清军横档炮台和航道西侧的巩固炮台的交叉火力，虽然炮击编队拥有重型火炮，双方火炮数量对比是二百三十四比三十五，但仍旧不能占据上风，这个时代的炮战就是如此，浑身长满重炮的战列舰也没法和炮台对射。
一直到乌穆派遣了单桅臼炮艇参战，单桅臼炮艇是由双桅船改造来的，前面的桅杆完全去掉，内部经过加固之后，布置了一门十英寸臼炮，这门臼炮可以把五十公斤重的榴弹打出两千五百米，两艘单桅臼炮艇就压制住了西岸的巩固炮台，乌穆主持了营级登陆，顺利占据了被打的七零八碎的横档炮台，然而在炮战中，损失了一艘加莱赛桨帆战舰五步蛇号。
满洲人很爱学习军事技术，他们从明军手里接触了大炮，很快就制造出比明军还要精良的火炮，在广东同样如此，葡萄牙人为他们构筑炮台、铸造火炮而炮术和炮弹却师承自荷兰人，在清军炮台使用的弹种中，不仅有实心炮弹、链弹和霰弹这类大陆货，还有使用烧熔弹这类破坏力十足的弹种，五步蛇号就是被一枚烧红的实心炮弹击中，因为损管不到位，引燃了炮甲板上的火药，虽然舰长下达的弃舰命令很及时，但仍旧造成了海军三十七名官兵丧生。
当然，这个伤亡数字专指舰船上的水手、炮手、军官和陆战队员，五步蛇号划桨舱里那三百八十人的奴隶桨手就没有几个活下来，但在当时的统计中，这不是伤亡，而是国有财产的损失。
在使用烧熔弹方面，炮台比战舰有优势，即便是专业程度最高的战列舰官兵，也不敢在这种情况下使用这类危险的弹药。
攻击横档山炮台就吃力的多，这是横档岛的主炮台，清军在葡萄牙人设计的炮台上加固了城墙、壕沟，布置了火绳枪手，一直到榴弹炮登陆之后，才压制了敌方火力，但攻占了横档炮台之后，就控制了操作西航道横江铁锁的操作间，这条锁链直接被斩断扔到江里，使得炮击舰队得以继续北上，进入狮子洋。
横档山后的军营暴露在了炮击舰队面前，而航道更深处的大虎炮台距离太远，掩护不住他们，或许是清军对于炮台加横江锁链的防御体系很信任，所以能掩护横档岛的猪头山上没有布设兵力。
清军水师的地位很低，除了炮台里的海防炮，他们几乎没有什么像样的武器，登陆的陆战队遭遇了少数鸟铳和三眼铳的反击，特别是西岸巩固炮台的登陆战，陆战队士兵的刺刀一亮，清军便是逃跑了，陆战队用炸药和硫酸破坏了巩固炮台里的火炮，撤离了西岸，而横档岛上陆战队则进攻无果之后，先攻上了横档山的山顶，在山顶居高临下，用线膛枪和轻榴弹炮教训主炮台里的清军，最终占领了整个横档岛，切断了所有的横江铁锁，珠江口航道对海军门户大开。
一天的战斗结束，盟军水上力量攻占、摧毁了五座炮台，打开了深入珠江的航道，明眼人都能看出来，下一步，海军将会攻打威远炮台，继而是虎门城，彻底解除清军水师的威胁，而在第二天的凌晨，清军水师的反击赶到。
清军水师没有什么大船，多是舢板、八桨船这类小船，所以清军一开始便是想打乱战，因此在夜晚行军，凌晨偷袭，指挥水战的是琼藩水师大帅黄蜚，在过去剿灭广东海贼之中，合众国南方战区海军与其有长期合作，按照双方一贯作风，平日海军与明军水师各自发展各自管理，在战时则交叉指挥，琼藩水师中的加列船和少数的风帆战舰编列到南方战区海军舰队中，海军中的划桨小船则编列到黄蜚的内河舰队中，而在指挥上，风帆战舰和加莱赛炮舰由南方舰队指挥，而其余包括加列船在内的划桨船则由黄蜚指挥。
黄蜚指挥下的加列船就有二十四艘，另有快蟹十八艘、至于舢板这类小船，足有二百余，琼藩和郑藩把大量擅长水战的士兵加入其中，实力不容小觑，清军兵力无法与内河舰队媲美，广东水师张国勋部只有五千人，南头水师营不到两千人，这些人还要负责虎门防御体系，兵力肯定不如黄蜚，技战术也不可能是这些老兵的对手，清军水师依仗的除了顺流优势，便是来自高层的厚赏。
满洲人素来不吝赏赐，特别是在战时，若得首功，便可赏五百两，直接成为参将，黑眼珠最见不得银子，一面是满洲太君压阵的大刀，一面是高官厚赏，清军水师爆发出了充足的战力，也得到定藩名下广西绿营的支持，张国勋亲自带队，亲率各部出击，他选择了东航道，而不是锚泊有炮击舰队的西航道，在这一点上，张国勋与许龙有了冲突，许龙力主攻击炮击舰队的，但绿营出身的二把刀张国勋面对满是炮窗的战列舰害怕了，直扑主航道的内河舰队。
张国勋不知道，水战中，战列舰这类巨型船只比舢板好大的多，这个道理许龙明白，但他地位不如张国勋这位平藩的近身奴才。
水战从狮子洋打到了伶仃洋，数百艘大小战船来来回回乱战，在平缓的珠江入海口，如此多的战舰几乎谈不上什么指挥，乱战中，火枪比火炮更管用，乘坐舢板小船的明军手持火绳枪，突然逼近，打一轮齐射，便是脱离，在战场上耍的不亦乐乎，加列船这类大型桨帆舰有些转圜不开，只得是哪里船多冲哪里，用坚固的船身当炮台，在敌群中迸发出了充足的战力，但是面对火攻船也只能饮恨。
内河舰队的士兵多是明军，琼藩和郑藩居多，也有不少原舟山藩镇的人加入其中，这些人踊跃参战，全因海军开出的厚赏，斩首一级便是赏赐三十两，擒获一艘战船便是百两，明军清苦人尽皆知，此番厚赏，也是嗷嗷直叫，有些没船的清军甚至借着陆战队上岸休整的机会，把陆战队内河舰队的舢板、快蟹开走了，鏖战之时，一些军将跑去炮击舰队，把战列舰和桨帆炮舰上的大艇、小艇和交通艇一股脑的强借了去，加入了战团，盟军水师联军中，会划船的几乎都参战了，海军一时都有些不知所措。
内河水战打了一天，最后百十艘战船追着清军水师十几艘小船在水面上狂奔，这一幕被大虎山炮台上的清军看到，随意开了几炮，对得起北京福临给的军饷，也就乘船跑了，清军一下丢了航道中最后一个据点。
水战之中，许龙被生擒，张国勋被杀，许龙被黄蜚亲手斩下脑袋，传首全军，与首级一起派下去的还有海量的赏金，乌穆命令青龙号战列舰的舰长在主桅杆顶桅上绑了一把笤帚，告诉所有人，我们已经把珠江口清扫干净了。
主帅阵亡，虎门要塞人心惶惶，前线的博洛给虎门派遣了三百满洲兵来，希望可以稳定军心，威远炮台抵抗意志很薄弱，派遣使者前来请降，乌穆能给出的也就是银钱、田宅等条件，而那位参将想继续当官，无奈之下，把使者送到了黄蜚面前，黄蜚给守军主帅开出了参将衔，另有三千两赏赐，琼州五百亩上好水稻田，当晚，那绿营参将率军与新来的满洲八旗太君大打了一场，用三十多个满洲人头多换了两千两的白银，黄蜚率人攻占了威远炮台，并且在两日后围困了虎门要塞。
虎门要塞还算坚固，满洲兵和平藩的藩下兵防守，进攻要塞的是郑彩部，乌穆支援了他一个营的陆战队，并且把臼炮艇交给了他，乌穆的目标可不是虎门，虎门的东面和北面是大岭山，这里早已不是清军广州通往深圳大营的粮道，想要断清军脊梁，还是要攻占东莞，只要攻占东莞，凭此雄城和辽阔的东江，深圳与广州的联系就彻底断了。
乌穆把军队分为两部分，其中一部分是陆军第二师的一个旅和一个骑兵团，汇同舟桥、炮兵和工兵，与黄蜚部一起登陆，由多亚指挥，从陆地前往东莞城，而他与黄蜚亲率水师继续从珠江航道北上，乌穆的意图很简单，先切断广州与东莞、深圳的联系。
深圳大营需要的各类物资从广州出发，无论如何都要渡过东江才能前往深圳，而东江入口因为在珠江三角洲，港汊纵横，在珠江主航道，自然需要渡船，而在一些辅航道和港汊则用桥梁居多，乌穆把内河舰队编列，从中挑选排水量较小的快蟹、长龙和舢板，进入小航道，遇到浮桥、渡口烧掉，桥梁拆的只剩桥墩，而黄蜚则率领加列船这类大型划桨船进入珠江东航道，隔绝东西交通。
而乌穆则亲率陆战队乘船进入东江南支流航道，在杨公洲一带登陆，率领陆战旅直扑东莞城下，各部兵马于三月十二日汇聚在了东莞城下，其中合众国海陆军一万两千人，琼藩七千余，郑藩四千余，合计兵马两万五，另有重炮十八门，当日便开始进攻东莞。
东莞守将是平藩右翼都统许尔显，在博洛南下两广之后，因为所带兵马不多，两广会战多仰仗两广三汉藩，博洛发现，时移世易，如今的三汉藩已经不是当年南下时候，听到多尔衮要查逃奴，藩主就害怕到自杀的三汉藩了，满清部队在北洋战场多败于合众国军，连多尔衮都是战死，而李定国在西南两蹶名王，满清对三汉藩越发倚重，而三汉藩也越发不惧，在两广会战中，就表现出汉藩出工不出力。
这个当口，博洛可不会惹出内乱来，为了更好的指挥汉藩，博洛耍了滑头，博洛发现，在孔有德和耿仲明死后，同气连枝的三汉藩中，威望最盛的就是尚可喜，有他在，无论是代领定藩的线国安，还是继承藩主爵位的耿继茂都唯其马首是瞻，因为博洛第一件事就是调离尚可喜。
博洛告知尚可喜，两广会战，战端三开，粤西、广西和深圳皆是开打，广州乃核心之地，不可无人坐镇，因此要求尚可喜统帅深圳大营兵马，他回广州坐镇，尚可喜哪里肯同意，深圳会战关乎全局，他承担不起失败的责任，尚可喜不知，这是博洛以退为进的计谋，既然尚可喜不愿坐镇深圳大营，那博洛就让他带了部分藩下兵去了广州，把三汉藩精锐留下来，最后形成了耿继茂辅佐博洛，线国安在新安防海，尚可喜广州坐镇的局面，尚可喜负责支援前线粮草，因此东莞也就由其负责。
许尔显受尚可喜之命防守东莞，他麾下只有右翼绿营八千兵马，后虎门开战，博洛调遣了惠州总兵李士琏等绿营协防，也不过一万五千人，局势岌岌可危。
李明勋率领盟军猛攻清军大营，牢牢牵制住大营里的清军，而黄蜚在东江水道纵横来往，挡住了广州来的援军，东莞虽为腹地之城，却已经是孤城了。